Baseada nos quatro elementos fundamentais precedentes, a Estrutura da OMA apóia-se em dois pilares: a organização de uma rede aduana - aduana e de parcerias aduana - setor privado. Esta estratégia de dois pilares apresenta muitas vantagens. Os pilares compreendem um conjunto de normas que são agrupadas de maneira a assegurar uma fácil compreensão e a implementação rápida em nível internacional. Além do mais, a Estrutura inspira-se diretamente em medidas já existentes na OMA em matéria de segurança e facilitação, bem assim em programas desenvolvidos pelas administrações Membros.