O Cadastro Nacional da Pessoa Jurídica (CNPJ) utiliza a Tabela de Natureza Jurídica (NJ) elaborada pelo IBGE/Concla. A versão mais recente dessa tabela, aprovada pela Resolução Concla nº 2/2008, traz como uma de suas novidades a criação de uma NJ específica para os Fundos Públicos (NJ 120-1), condicionando assim, a inscrição de tais entidades à condição de estabelecimento matriz.
Não há como um fundo público municipal figurar como filial da Prefeitura Municipal ou mesmo da Secretaria Municipal de Saúde, já que possuem NJs distintas, o que é incompatível com as regras do CNPJ. Filiais de uma entidade devem se enquadrar na mesma NJ da matriz.
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